Entre 1989 y 2019 Alajuelense jugó varias finales que incluían finales de Clausura, finales de Apertura o finales nacionales, todo dependiendo del formato del torneo que se jugara.
La única final que Alajuelense remontó luego de perder el primer partido, fue el la temporada 2000-2001 cuando perdió el primer partido 1x0 en Heredia y luego ganó 3x0 para coronarse campeón nacional con su estrella 21.
Sin embargo hay que aclarar que se no se trataba de una final nacional, sino de la final del Clausura de esa temporada, la cual se jugó con un formato bastante extraño.
En la temporada 2000-2001 se jugó en un torneo largo divido en Apertura y Clausura, donde el apertura jugaron todos contra todos en 22 jornadas donde Alajuelense ganó este primer Campeonato.
Lo extraño del torneo fue en la Clausura donde los 12 equipos de dividieron en 3 cuadrangulares de las cuales 2 de esas cuadrangulares estaban buscando los finalistas del torneo y la otra cuadrangular se jugaba por el no descenso.
Así entonces una cuadrangular la conformaron Alajuelense, San Carlos, Saprissa y Carmelita, y la otra la formaban Herediano, Cartaginés, Santos y Perez Zeledón, mientras que por el no descenso jugaron Osa, Municipal Puntarenas, Santa Bárbara y Limonense.
Al ganar Alajuelense y Herediano sus respectivas cuadrangulares quedaron sembrados para la final del clausura de ese semestre. Si Herediano la ganaba obligaba a una final Nacional.
El primer partido se jugó en 6 de mayo del 2001 donde Herediano se impuso 1x0 con un gol de Gilberth Solano y el partido de vuelta se jugó el 9 de mayo donde Alajuela le dio vuelta con 2 goles de Jozef Miso y otro de Mauricio Solís.
Este partido corresponde a la única final de cualquier tipo que Alajuelense ha podido remontar luego de perder el primer partido en los últimos 30 años.
