Un equipo de investigadores capitaneado por el bioinformático Chase Nelson, del Museo Americano de Historia Natural, ha descubierto un misterioso y nuevo gen oculto en el genoma del virus responsable de la pandemia de Covid-19. El nuevo gen, identificado como ORF3d, había conseguido hasta ahora escapar al escrutinio de los científicos, que lo habían pasado por alto.
En un artículo recién publicado en la revista eLife, se explica que se trata de un ejemplo de lo que se conoce como un «gen superpuesto», una especie de «gen dentro de un gen» que permanece oculto en una cadena de nucleótidos gracias al modo en que se superpone a las secuencias codificadas de otros genes.
«En términos de tamaño del genoma -explica Nelson- el SARS-CoV-2 y sus parientes se encuentran entre los virus de ARN más largos que existen. Por lo tanto, son quizá más propensos a los ´trucos genómicos´ que otros virus similares».
Según el investigador, los virus son bastante propensos a albergar genes superpuestos, que resultan difíciles de identificar ya que los sistemas de escaneo genético, programados para identificar genes individuales, suelen pasarlos por alto.
Queda por determinar cuál es la función específica de este nuevo gen, pero los investigadores creen que el mero hecho de no haberlo detectado hasta ahora supone un «punto ciego grave» en nuestro conocimiento del virus. Los científicos llevan estudiando este coronavirus desde principios de año a un ritmo frenético para tratar de paliar sus efectos devastadores. Y aunque ya se han dilucidado importantes aspectos de la estructura genética del SARS-CoV-2, es mucho lo que aún se desconoce.
«No detectar los genes superpuestos -asegura Nelson- hace que corramos el riesgo de pasar por alto aspectos importantes de la biología del virus. La superposición de genes puede ser una de las formas en que los coronavirus han evolucionado para replicarse de manera eficiente, eludir la inmunidad del huésped o transmitirse».
En el caso de ORF3d, sostiene el investigador, aún hay que comprender por qué está ahí, al acecho, oculto entre otros genes. Al escanear las bases de datos existentes, Nelson y sus colegas encontraron que el gen ya se había identificado con anterioridad, aunque solo en una variante del coronavirus que afecta a los pangolines, en China.
Anteriormente, también se le había clasificado de forma errónea como un gen no relacionado, llamado ORF3b, que está presente también en otros coronavirus, pero Nelson cree que no se trata de lo mismo. «Los dos genes -explica- no están relacionados y codifican proteínas completamente diferentes. Esto significa que el conocimiento sobre SARS-CoV-2 ORF3b no debe aplicarse a SARS-CoV-2 ORF3d».
Respuesta de anticuerpos
Algo que sí se sabe del misterioso gen (gracias a análisis de sangre previos de pacientes con Covid-19) es que ORF3d provoca una fuerte respuesta de anticuerpos. En cuanto a si el gen contribuye a la activación de las células T de nuestro organismo, o si sirve a otros oscuros propósitos del virus, aún no sabemos nada. Su acción específica podría ser totalmente inofensiva, pero también todo lo contrario.
En palabras de Nelson, «aún no conocemos su función, o si tiene importancia clínica. Pero predecimos que es relativamente poco probable que este gen sea detectado por una respuesta de células T, en contraste con la respuesta de anticuerpos. Tal vez esto tenga algo que ver con su origen».
Para Nelson, sin embargo, una cosa sí es segura. En un virus que solo tiene 15 genes conocidos, el hallazgo de otro, y aún más si es un gen superpuesto, es un avance muy significativo. Hasta qué punto, es algo que los científicos tendrán ahora que descubrir.