En la urbe destaca el centro ceremonial, que es una gran plataforma a la que se accede atravesando una puerta de doble marco. Asimismo, existen dos plazas principales, templos, fuentes de agua, canales, talleres, almacenes, residencias de élite y otros predios que parecen haber tenido un uso administrativo.
Otra de las estructuras impresionantes de Choquequirao es una enorme escalera que al amanecer del solsticio de verano es iluminada completamente por los rayos del sol. Si bien todas las edificaciones son de piedra, algunas de ellas estuvieron cubiertas de arcilla tanto al interior como por fuera, por lo que exhiben un color anaranjado claro.
Choquequirao presenta múltiples edificaciones de dos pisos con hornacinas en el interior. Además de algunas puertas y nichos hechos con doble jamba y canales de riego. El material que fue usado son piedras unidas con morteros de barro.